211service.com
Atlas nowotworów do przewidywania stanu zdrowia pacjentów
Zrozumienie zmian genetycznych w guzach, które odróżniają najbardziej śmiertelne nowotwory od łagodniejszych, może pomóc lekarzom w lepszym leczeniu pacjentów.
Dziś szwedzcy naukowcy uruchamiają nowy ogólnodostępny katalog który odwzorowuje wiele z tych zmian genetycznych. Atlas ten łączy tysiące konkretnych genów zaangażowanych w liczne nowotwory z przeżyciem pacjentów, a także ujawnia potencjalne nowe cele leków.
Nowy atlas jest jednym z kilku trwających wysiłków mających na celu zrozumienie danych gromadzonych przez publiczne bazy danych – takie jak Cancer Genome Atlas National Cancer Institute – które działają jako repozytorium próbek guzów. Celem jest zebranie praktycznych informacji, takich jak markery choroby, które można wykorzystać do opracowania leków przeciwnowotworowych i diagnostyki.
Aby wygenerować atlas, naukowcy pod kierunkiem Mathiasa Uhléna, profesora mikrobiologii w Królewskim Instytucie Technologii w Szwecji, wykorzystali superkomputer do przeanalizowania 17 głównych typów ludzkich nowotworów z prawie 8000 próbek guzów. Uhlén mówi, że jego zespół szukał holistycznych zmian w genomie spowodowanych tymi mutacjami.
Następnie zmapowali wszystkie geny znajdujące się w tych komórkach rakowych, aby dowiedzieć się, jak białka wytwarzane przez te geny wpływają na przeżycie pacjentów. Geny zawierają instrukcje tworzenia białek, a poziom ekspresji genów zwiększa lub zmniejsza ilość białka wytwarzanego przez geny. Te powstałe białka mogą dramatycznie wpływać na procesy biologiczne, takie jak rak.
Naukowcy zaobserwowali, że poziomy białek w różnych nowotworach są bardzo zróżnicowane, co wzmacnia potrzebę spersonalizowanego leczenia raka w oparciu o unikalne cechy guza pacjenta.
Naukowcy odkryli, że ponad 2000 genów miało różny wpływ na przeżycie pacjenta w zależności od typu nowotworu i lokalizacji guza w organizmie. W niektórych przypadkach geny o wyższej ekspresji wiązały się z lepszymi wynikami dla pacjentów, a inne przewidywały gorsze perspektywy dla pacjentów. Wyniki są szczegółowe dzisiaj w dzienniku Nauka .
Uhlén i jego zespół zidentyfikowali inny zestaw ponad 2000 genów, które mogą potencjalnie zabić wzrost guza, ale mówi, że oddziaływanie na większość tych celów za pomocą leków prawdopodobnie miałoby poważne skutki uboczne dla pacjentów. Spośród nich, przewidują, że 32 geny znajdujące się w ponad 80 procentach nowotworów, niezależnie od rodzaju raka, stanowią cele dla leków.
Wcześniej naukowcy koncentrowali się na wykorzystaniu sekwencjonowania DNA do identyfikacji mutacji genetycznych związanych z rakiem. Aby stworzyć ten nowy atlas, naukowcy wykorzystali sekwencjonowanie RNA, aby zrozumieć, w jaki sposób geny zmieniają się pod wpływem raka.
John Leite, wiceprezes ds. onkologii w firmie Illumina zajmującej się sekwencjonowaniem genów, mówi, że potrzebnych będzie wiele informacji biologicznych, aby zrozumieć mechanizmy leżące u podstaw powstawania raka i ostatecznie umożliwić naukowcom i lekarzom przewidywanie najlepszych opcji terapeutycznych dla pacjentów. Właśnie w tym może pomóc ten nowy atlas.
Nicolas Robine, zastępca dyrektora ds. biologii obliczeniowej w New York Genome Center, mówi, że atlas będzie przydatnym źródłem informacji dla naukowców, ale powiedział, że nie może dostarczyć ostatecznej, zautomatyzowanej odpowiedzi lekarzom zastanawiającym się, jak będzie postępować rak u pacjenta. To nie tak, że podłączasz swój profil ekspresji i mówi ci, czy masz lepszy czy gorszy wynik.
Atlas jest częścią szwedzkiego programu rozpoczętego w 2003 roku, którego celem jest mapowanie wszystkich ludzkich białek wytwarzanych przez około 20 000 lub więcej genów organizmu.