Dzięki garniturowi patentowemu Illumina stara się okiełznać wschodzącego brytyjskiego rywala Oxford Nanopore

Gigant sekwencjonowania genów Illumina jest jak standardowy olej ery genomu. Tylko, że zamiast oleju pompuje DNA.

Ponad 90 procent wszystkich danych DNA jest generowanych przez maszyny sprzedawane przez Illumina, a firma z San Diego chce, aby tak pozostało.

To wyjaśnia, dlaczego Illumina powiedziała dziś, że spróbuje zablokować komercyjną sprzedaż nowego, destrukcyjnego instrumentu do sekwencjonowania DNA, opracowanego przez brytyjskiego rywala, Oxford Nanopore.

W pozwie patentowym i osobnej skardze do amerykańskiej Komisji Handlu Międzynarodowego Illumina powiedział, że najnowocześniejsze urządzenia do sekwencjonowania DNA brytyjskiej firmy zawierają skradzione pomysły i powinny zostać zatrzymane w dokach.

Począwszy od 2014 r., Oxford rozpoczął dostarczanie nowego typu sekwensera DNA z nanoporami, który analizuje DNA, przeciągając cząsteczki przez maleńki, delikatny por (patrz Radical New DNA Sequencer wreszcie trafia w ręce badaczy). Każda kombinacja liter genetycznych A, G, C, T powoduje zmianę w przepływie prądu elektrycznego, umożliwiając odczytanie cząsteczki.

Illumina twierdzi, że kontroluje patent na pory, z których korzysta Oxford, czemu Oxford zaprzecza. Ale większa bitwa dotyczy platform technologicznych i tego, czy sekwencjonowanie nanoporów może zastąpić maszyny Illumina.

Przyrządy Illumina wielkości lodówki są szybkie i dokładne (zobacz Dlaczego Illumina jest numerem jeden). Ale ponieważ działa inaczej, MinION firmy Oxford, jak nazywa się to urządzenie, jest na tyle mały, że można go przenosić (jest mniej więcej wielkości telefonu komórkowego) i odczytuje bardzo długie odcinki DNA.

Nanoporowy sekwencer DNA sprzedawany przez Oxford Nanopore jest zasilany przez złącze USB.

Chociaż jest wolniejszy i mniej dokładny niż instrumenty firmy Illumina, technologia nanoporów może stać się konkurencją, ponieważ naukowcy znajdują dla niej zupełnie nowe zastosowania jak sekwencjonowanie wirusów Ebola i diagnozowanie pacjentów z prowizorycznego laboratorium w Gwinei .

Na swoim blogu Mick Watson, badacz genów z Uniwersytetu w Edynburgu, który wykorzystuje obie technologie, nazywa procesami sądowymi niesamowicie rozczarowujące i powiedział, że dla badaczy to było jak walka dwóch twoich przyjaciół.

W rzeczywistości obie firmy sparringują od 2012 roku zerwanie planów wspólne opracowanie instrumentu nanoporowego i stanie się rywalem.

W oświadczeniu dyrektor generalny Oxford Nanopore Gordon Sanghera powiedział, że pozwy były bezpodstawne. Zażartował, że cieszy fakt, iż rynkowe znaczenie produktów Oxford Nanopore jest tak publicznie uznawane przez rynkowego monopolistę.

Oxford nie podał żadnych danych dotyczących sprzedaży, ale firma twierdzi, że ponad 1000 zespołów naukowych korzysta z MinION.

Oksford jest oceniany Najbardziej ekscytująca — i najcenniejsza — szybko rozwijająca się firma technologiczna w Wielkiej Brytanii. Jest już wart około 970 milionów funtów, czyli 1,4 miliarda dolarów i jest… planowanie IPO , według Niedzielne czasy .

Jak dotąd urządzenia Oxfordu stanowią kawałek rynku maszyn do szybkiego sekwencjonowania, chemikaliów i oprogramowania, który jest wart od 3 do 4 miliardów dolarów rocznie, według Shawna Bakera, współzałożyciela AllSeq, firmy konsultingowej zajmującej się genomiką.

Baker mówi, że ponieważ Oxford nie jest jeszcze zbyt komercyjny, pozew Illuminy dotyczy ochrony ich przestrzeni i powodowania bólów głowy w Oksfordzie, gdy starają się upublicznić.

Illumina agresywnie broniła swojego terytorium, umiejętnie wykorzystując obniżki cen, procesy sądowe i przejęcia, aby utrzymać swoją pozycję rynkową. W 2012 roku nawet otworzył ogień do jednego ze swoich największych klientów , chińska operacja badawcza BGI , po tym jak ta organizacja nabyła konkurencyjną technologię.

Bakterie naturalnie wykorzystują pory białkowe do przenoszenia składników odżywczych do ich ciał komórkowych. Ale pory są bardzo delikatne i 10 lat zajęło Oxfordowi nauczenie się łączenia ich w fizyczne urządzenie, które potrafi czytać DNA.

Oxford nigdy nie ujawnił publicznie, jakie dokładnie pory znajdują się w swoich maszynach — firma twierdzi, że to tajemnica handlowa. Ale według pozwów Illuminy, MinION jest bardziej prawdopodobne, niż nie wykorzystuje porów opracowanych przez Jensa Gundlacha, fizyka z University of Washington i współpracowników z University of Alabama.

Do czasu publikacji Gundlacha, opublikowanej od 2010 roku, a później licencjonowanej przez Illumina, sekwencjonowanie nanoporowe było wstrzymywane przez problemy techniczne. Ale Gundlach odkrył, że bakteria ma lejkowaty por Mycobacterium smegmatis (nazwany tak, ponieważ znajduje się w wydzielinie narządów płciowych) wytworzył sygnał około 10 razy silniejszy niż poprzednie pory, zgodnie z pozwem patentowym Illumina, do którego przyłączyły się oba uniwersytety.

W swoim garniturze Illumina twierdzi, że wiele linii dowodowych sugeruje, że Oxford używa ulepszonych wersji tego poru w MinION.

Prosząc amerykańskich urzędników handlowych o zbadanie Oksfordu i prawdopodobnie zakazanie importu MinION do USA, Illumina może zdenerwować naukowców, ponieważ nie jest dostępna porównywalna technologia. Illumina nigdy nie ogłosiła planów sprzedaży własnego produktu z nanoporami.

Prawnicy Illuminy — Fish & Richardson w Waszyngtonie — zauważyli, że szersza publiczność nie ucierpi, jeśli MinION zostanie zatrzymany na urzędzie celnym i zakaz wjazdu do Stanów Zjednoczonych. Illumina może wypełnić każdą pustkę własnymi produktami.

ukryć