Ludzki genom skażony DNA mykoplazmy

Na początku tego roku biolodzy molekularni ogłosili, że 20 procent baz danych genomów innych niż ludzkie jest zanieczyszczonych ludzkim DNA , prawdopodobnie od badaczy, którzy zsekwencjonowali próbki.

Teraz sam ludzki genom został skażony. Bill Langdon z University College London i Matthew Arno z Kings College London twierdzą, że znaleźli sekwencje bakterii mykoplazmowych w bazie danych genomu ludzkiego.

To skażenie ma daleko idące konsekwencje. Firmy biotechnologiczne wykorzystują bazę danych ludzkiego genomu do tworzenia chipów DNA, które mierzą poziomy ekspresji ludzkich genów. Langdon i Arno twierdzą, że znaleźli DNA mykoplazmy w dwóch dostępnych na rynku chipach ludzkiego DNA.

Każdy, kto używa tych chipów do pomiaru ekspresji ludzkich genów, nieświadomie mierzy również ekspresję genu mykoplazmy.

W pewnym sensie nie jest to zaskoczeniem. Powszechnie wiadomo, że skażenie mykoplazmą jest powszechne w laboratoriach biologii molekularnej, mówią Langdon i Arno. Przy odrobinie szczęścia odkrycie tego w bazie danych ludzkiego genomu skoncentruje umysły na problemie.

Kluczowym pytaniem jest charakter tego rodzaju przekazu informacji. Te geny mykoplazmy wyraźnie skutecznie się rozmnażają w silico. Jedną z możliwości jest to, że widzimy początki zupełnie nowego rodzaju krajobrazu infekcji.

Tutaj geny, które mogą udawać człowieka (lub rzeczywiście inne organizmy), mogą z powodzeniem przenosić się z jednej bazy danych do drugiej. A jeśli pomyślimy o tym jako o wirtualnej infekcji, z pewnością będziemy się martwić wirtualną ewolucją w najbliższej przyszłości.

Ale co robić? Poziom skażenia i sposób, w jaki się rozprzestrzenia, sugeruje, że naukowcy przegrywają walkę o jego wyeliminowanie. Obawiamy się, że obecne narzędzia okażą się niewystarczające do wyłapania genów, które przekroczyły barierę krzemową, mówią.

Najbardziej przerażająca jest możliwość, że Langdon i Arno tylko podrapali powierzchnię. Po znalezieniu dwóch podejrzanych sekwencji DNA wydaje się prawdopodobne, że opublikowana sekwencja ludzkiego genomu zawiera więcej, jak mówią.

Jeśli infekcja wirtualna jest rzeczywiście tak dużym problemem, jak sugerują Langdon i Arno, być może będziemy musieli chronić bazy danych za pomocą genomowej wersji oprogramowania antywirusowego, pewnego rodzaju wirtualnego układu odpornościowego.

Ale to samo w sobie może wywołać ewolucyjny wyścig zbrojeń, który wybiera geny najbardziej zdolne do pokonania zabezpieczeń.

Oczywiście jest to pokrzywa, którą należy szybko uchwycić. To znaczy, jeśli nie jest już za późno.

Nr ref.: arxiv.org/abs/1106.4192 : Więcej spleśniałych danych: Wirtualna infekcja ludzkiego genomu

ukryć