Wyszukiwarka chorób rzadkich, która przewyższa Google

Pod koniec lat czterdziestych profesor z University of Maryland School of Medicine ukuł niezwykłe zdanie opisujące nieoczekiwane diagnozy. Kiedy usłyszysz za sobą tętent kopyt, nie spodziewaj się zobaczyć zebry – powiedział. Zwrot utknął i dzisiaj medycy powszechnie używają terminu zebra, aby opisać rzadką chorobę, zwykle definiowaną jako ta, która występuje u mniej niż 1 na 2000 populacji.

Rzadkie choroby są z natury trudne do zdiagnozowania. Według Europejskiej Organizacji ds. Rzadkich Chorób 25 procent diagnoz jest opóźnionych od 5 do 30 lat.

Nic więc dziwnego, że medycy szukają bardziej efektywnych sposobów wykonywania pracy. Coraz powszechniejszą pomocą w tym procesie jest wyszukiwarka, zazwyczaj Google. Stanowi to część procesu iteracyjnego, w którym lekarz wprowadza objawy do wyszukiwarki, bada listy potencjalnych chorób, a następnie szuka dalszych dowodów objawów u pacjenta.

Problem polega oczywiście na tym, że wyszukiwarki zwykłe lub ogrodowe nie są zoptymalizowane pod kątem tego procesu. Na przykład Google uważa strony za ważne, jeśli są połączone z innymi ważnymi stronami, co jest podstawą słynnego algorytmu PageRank. Jednak rzadkie choroby z definicji prawdopodobnie nie będą miały dużego znaczenia w sieci. Co więcej, wyszukiwania mogą być nękane zwrotami z wszelkiego rodzaju nieistotnych źródeł.

Dziś Radu Dragusin z Politechniki w Danii wraz z kilkoma kumplami przedstawia alternatywę. Ci goście stworzyli specjalną wyszukiwarkę przeznaczoną do diagnozowania rzadkich chorób o nazwie FindZebra , nazwa oparta na powszechnym slangu medycznym oznaczającym rzadką chorobę. Po porównaniu wyników z tej wyszukiwarki z tymi samymi wyszukiwaniami w Google pokazują, że znacznie lepiej radzi sobie z zwracaniem trafnych wyników.

Magiczny sos w FindZebra to indeks, którego używa do szukania wyników. Ci faceci stworzyli ten indeks, przeszukując specjalnie wybrany zestaw wyselekcjonowanych baz danych dotyczących rzadkich chorób. Należą do nich Online Mendlowskie dziedziczenie w człowieku baza danych, Centrum Informacji Genetycznych i Chorób Rzadkich oraz Orphanet .

Następnie korzystają z narzędzia do wyszukiwania informacji o otwartym kodzie źródłowym Indri do przeszukiwania tego indeksu za pośrednictwem witryny internetowej z interfejsem konwencjonalnej wyszukiwarki. Rezultatem jest FindZebra.

Na koniec porównali wyniki wyszukiwania w FindZebra z tym samym wyszukiwaniem w Google zastosowanym do tego samego ograniczonego zbioru danych, co jest możliwe w przypadku zaawansowanych wyszukiwań w Google. Dragusin i spółka twierdzą, że wyniki Google są znacznie gorsze niż ich własne.

Na przykład w FindZebra zapytanie Chłopiec, normalne poród, deformacja obu paluchów (brak stawu), szybki rozwój guza kości w okolicy kręgosłupa i osteogeneza podczas biopsji zwraca jako pierwszy wynik prawidłową diagnozę Fibrodysplasia ssificans progressiva. Jednak ta diagnoza w ogóle nie pojawia się w wynikach dowolnego typu wyszukiwarki Google.

Wskazuje to, że algorytm PageRank, a przynajmniej sposób, w jaki Google go ulepszył, nie nadaje się do tego rodzaju wyszukiwania. Nasze odkrycie, że FindZebra ogólnie przewyższa Google w tym zadaniu, a zwłaszcza gdy jest ograniczone do witryn z naszej kolekcji (Google Restricted), sugeruje, że algorytm rankingu Google jest nieoptymalny dla danego zadania, podsumowują.

Chociaż nadal jest to projekt badawczy, Dragusin i spółka udostępnili publicznie swoją wyszukiwarkę chorób rzadkich pod adresem www.findzebra.com . Mogłoby to z pewnością stać się cennym narzędziem dla społeczności medycznej.

Mniej jasne jest jednak to, w jaki sposób to narzędzie będzie wykorzystywane przez ogół społeczeństwa. Strona zawiera smutną wiadomość: Ostrzeżenie! FindZebra to projekt badawczy i ma być wykorzystany tylko przez lekarzy .

FindZebra może oczywiście być kartą hipochondryka. Z drugiej strony dotyczy to każdego słownika medycznego.

Poinformowana opinia publiczna coraz częściej odwiedza swoich lekarzy uzbrojona w szczegółowe informacje pobrane z Internetu. Każdy krok w kierunku poprawy jakości tych informacji z pewnością musi mieć znaczną wartość.

Nr ref.: arxiv.org/abs/1303.3229 : FindZebra: wyszukiwarka rzadkich chorób

ukryć