Zaprezentowano maszynę do sekwencjonowania Pacific Biosciences

W końcu pojawiła się wyczekiwana nowa maszyna do sekwencjonowania Pacific Biosciences.

Firma zaprezentowała instrument uczestnikom Spotkanie na temat postępów w biologii i technologii genomu , wytworne wydarzenie, które stało się miejscem, w którym można zrobić furorę w sekwencjonowaniu. Z dotychczasowym finansowaniem w wysokości 266 milionów dolarów i unikalną technologią umożliwiającą odczytywanie pojedynczych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym, Pacific Biosciences jest najczęściej komentowanym start-upem sekwencjonowania. pierwszy pojawił się z trybu ukrycia na tej samej konferencji w 2008 roku. Istotnie, Pacific Biosciences została uznana za jedną z naszych 50 najbardziej innowacyjnych firm TR50.

Firma ogłosiła również, że sprzedała już dziesięć jednostek – w cenie 695 000 dolarów każdy – z kilkoma centrami sekwencjonowania czekającymi na skrzydłach. (Pierwsza runda klientów obejmuje: Baylor College of Medicine, Broad Institute, Cold Spring Harbor Laboratory, US Department of Energy Joint Genome Institute, Genome Center na Washington University, Monsanto, National Cancer Institute/SAIC-Frederick , Narodowe Centrum Zasobów Genomu, Ontario Institute for Cancer Research i Stanford University).

To właśnie na konferencji w 2008 roku założyciel firmy, Stephen Turner, po raz pierwszy przedstawił swoje często powtarzane twierdzenie o przyrządzie zdolnym do sekwencjonowania ludzkiego genomu w zaledwie 15 minut. Według zapowiedź w Bio-ITWorld.com, dyrektor generalny Hugh Martin zaktualizował tę prognozę:

Nawet w przypadku przyszłych aktualizacji, Martin mówi, że obecna maszyna nie będzie tą, która dostarcza „15-minutowy genom”, jak twierdził dwa lata temu założyciel PacBio Stephen Turner. Chociaż liczba ZMW w komórce SMRT zostanie z czasem podwojona do 160 000 ZMW, PacBio będzie potrzebował 1 miliona, aby uzyskać genom. Prawdopodobnie jest [zdolny do dostarczenia] 2- lub 3-godzinnego genomu. Instrument V2 osiągnie cel 15 minut, ale jego premiera nie jest zaplanowana do 2014 roku.

Artykuł Bio-IT również zauważa, że

Martin nie wyświetlał podglądu danych śledzenia ani nie omawiał wskaźników błędów w podglądzie maszyny. Jednak podczas pełnego wydania pod koniec tego roku, powiedział, że średnia długość odczytu wyniesie 1000-1250 zasad, ułamkowo dłuższa niż 454 lub sekwencjonowanie Sangera, z 5% odczytami między 3-5 kb. W przypadku ukierunkowanego eksperymentu sekwencjonowania otrzymasz 5% z 30% [limit Poissona] z 80 000 [ZMW] – czyli za 99 USD otrzymasz 1000 odczytów w zakresie 3-5 kb. Pomimo niższej przepustowości w porównaniu z wysokiej klasy maszynami drugiej generacji, Martin wskazał na zaletę elastyczności, na przykład umożliwienie badania próbek diagnostycznych bez konieczności czekania, aż wystarczająca liczba próbek sprawi, że warto przeprowadzić badanie na skrzynce drugiej generacji .

Nie wszyscy byli pod wrażeniem. Genetyk i bloger Daniel MacArthur zauważył w ostatni post ,

Ogólnie rzecz biorąc, nie mogę pomóc, ale jestem rozczarowany wszystkim, co do tej pory widziałem w PacBio, zwłaszcza w porównaniu z dramatycznie przereklamowanymi twierdzeniami (15-minutowy genom, ktokolwiek?) Firma stała się znana w ciągu ostatnich kilku lat .

ukryć