Boom na sekwencjonowanie CDC o wartości 1,75 miliarda dolarów może przeznaczać pieniądze na niewłaściwy problem

Pani Tech | Getty, Envato

• Kongres pompuje fundusze w CDC, stanowy i lokalny nadzór nad genomami
• Niektóre stany dążą do celu zbadania 5% pozytywnych testów pod kątem nowych wariantów
• Jednak większość korzyści będzie długoterminowa, a amerykańskie przepisy dotyczące opieki zdrowotnej sprawiają, że śledzenie na poziomie pacjenta jest prawie niemożliwe

Krótko po inauguracji prezydenta Bidena człowiek, któremu powierzono dowodzenie nad odpowiedzią na koronawirusa, miał przesłanie o tym, co Ameryka musi zrobić. Jesteśmy 43. na świecie w sekwencjonowaniu genomowym, powiedział Jeff Zients na konferencji prasowej w: Styczeń . Całkowicie nie do przyjęcia.

Zasugerował, że odpowiedzią jest wykonanie odpowiedniej ilości sekwencjonowania genomowego, co pozwoli nam wcześnie wykryć warianty, co jest najlepszym sposobem radzenia sobie z potencjalnymi wariantami.

Naukowcy sekwencjonują genomy próbek covid od pierwszego zidentyfikowanego przypadku w Wuhan; pierwsze szczepionki mRNA zostały zbudowane przy użyciu kodu genetycznego opublikowanego przez chińskich naukowców w styczniu. I zostało to zrobione na niespotykaną dotąd skalę. W połowie grudnia 51 000 genomów Covid z USA zostały już zdekodowane i umieszczone w publicznych repozytoriach. To siedem razy więcej niż liczba próbek grypy sekwencjonowanych rocznie przez Centra Kontroli i Zapobiegania Chorobom.

Zdecydowana większość sekwencjonowania covid w Ameryce została przeprowadzona w ośrodkach akademickich. Dzieje się tak głównie dlatego, że do niedawna uważano to za zajęcia akademickie, polegające na śledzeniu zmian w wirusie, który, jak powszechnie uważa się, ewoluuje powoli i stabilnie.

Powiązana historia

Co poszło nie tak z amerykańskim systemem danych szczepionek o wartości 44 milionów dolarów? CDC zamówiło oprogramowanie, które miało zarządzać wprowadzaniem szczepionek. Zamiast tego był nękany problemami i porzucany przez większość państw.

Nawet w listopadzie i grudniu, zarówno w Wielkiej Brytanii, jak i Afryka Południowa ogłosił bardziej zakaźne szczepy i Dania powiedziała, że ​​zabije 15 milionów norek aby zawierać mutację, wielu naukowców i organizacji zdrowia publicznego twierdziło, że wirus prawdopodobnie nie wymknie się odporności wywołanej szczepionką.

Mimo to, o czym ostrzegały nagłówki zmutowany koronawirus rozpościerający się poza kontrolą , politycy i opinia publiczna domagali się informacji, czy na ich własnych podwórkach istnieją warianty obaw.

Biorąc pod uwagę niewielką część infekcji w USA, które zostały zsekwencjonowane, wariant mógł już znajdować się w Stanach Zjednoczonych bez wykrycia, CDC odpowiedziało w oświadczeniu opublikowane online .

Ameryka leci na oślep szybko stała się refrenem nie tylko dla naukowców szukających wsparcia dla swojej pracy, ale także dla krytyków reakcji USA szukających rozwiązania problemu. Pewna frustracja była z pewnością spowodowana niedokładnymi wiadomościami: na przykład 22 grudnia donosił New York Times że mniej niż 40 covid genomów zostały zsekwencjonowane w Stanach Zjednoczonych od 1 grudnia. W rzeczywistości amerykańskie laboratoria przekazały w tym okresie prawie 10 000 nowych sekwencji do publicznych repozytoriów.

Wsparcie finansowe i polityczne pojawiło się szybko pod nową administracją, z CDC 200 milionów dolarów zaliczki do prac sekwencyjnych. Następnie uchwalony w marcu projekt ustawy o ulgach przeznaczył oszałamiające 1,75 miliarda dolarów na wsparcie ogólnokrajowych programów zdrowia publicznego sekwencjonowania chorób lub infekcji, w tym covid-19.

CDC i WHO postawiły sobie za cel zsekwencjonowanie 5% pozytywnych przypadków covid w celu śledzenia rozprzestrzeniania się wariantów. Stany Zjednoczone szybko osiągnęły ten cel, głównie płacąc prywatnym laboratoriom testowym za sekwencjonowanie niewielkiej liczby pozytywnych próbek.

CDC i WHO wyznaczyły sobie cel: sekwencjonowanie 5% przypadków pozytywnych do śledzenia rozprzestrzeniania się wariantów — liczba oparta na badaniu przed drukiem przeprowadzonym przez dominującego producenta sekwenserów Covid, Illumina.

Stany Zjednoczone szybko osiągnęły ten cel, głównie płacąc prywatnym laboratoriom testowym za sekwencjonowanie niewielkiej liczby pozytywnych próbek. W ostatnim tygodniu marca, kiedy zgłoszono 450 000 nowych przypadków, laboratoria amerykańskie — w tym laboratoria akademickie finansowane w ramach innych programów — przesłały 16 143 zanonimizowanych sekwencji do GISAID, globalnego repozytorium danych biologicznych, a 6811 do National Center for Biotechnology Information. lub NCBI.

(W tym okresie zaobserwowano jeden z najniższych wskaźników przypadków w ciągu sześciu miesięcy; aby zsekwencjonować 5% podczas styczniowego szczytu, laboratoria w USA musiałyby wydać znacznie ponad milion dolarów dziennie na sekwencjonowanie pięciokrotnie większej liczby próbek.)

Ameryka powinna być doskonałym miejscem do badania ewolucji genetycznej krukowatych. Ma rozległe infekcje, zróżnicowaną genetycznie populację i największą liczbę zaszczepionych osób na świecie. Jednak pomimo wzrostu sekwencjonowania genomu, niektórzy eksperci i naukowcy zajmujący się zdrowiem publicznym zastanawiają się teraz, co dzieje się z tymi wszystkimi informacjami – i jak osiągalne są cele w tej dziedzinie.

Na swojej stronie opisującej nadzór genomowy CDC twierdzi, że sekwencjonowanie może śledzić, czy warianty nauczyły się unikać szczepień lub leczenia. Ale program sekwencjonowania nadzoru agencji nie łączy żadnej ze swoich sekwencji z osobami, od których pochodzili, bez względu na to, czy zostali zaszczepieni, czy też zachorowali.

Tymczasem największym argumentem przemawiającym za tego rodzaju sekwencjonowaniem anonimowego nadzoru jest to, że daje on urzędnikom wczesne ostrzeżenie o potencjalnych zmianach w liczbie przypadków. Ale w odpowiedzi na wiadomość, że w Ameryce dobrze zadomowiły się bardziej przenośne warianty, stany rozluźniły nakaz masek i ponownie otworzyły jadalnię w pomieszczeniach.

Rozmawialiśmy z wieloma ekspertami od sekwencjonowania z doświadczeniem z pierwszej ręki podczas pandemii i usłyszeliśmy to samo od wielu z nich: przekształcanie danych z nadzoru w użyteczną wiedzę napotyka ogromne bariery prawne, polityczne i infrastrukturalne w Stanach Zjednoczonych, niektóre z nich nie do pokonania.

O ile naukowcy i decydenci nie zapytają, dlaczego chcą sekwencji kowadów i jak najlepiej wykorzystać te dane, nadzór genomowy przyniesie coraz mniejsze zyski – a większość jego potencjału zostanie prawdopodobnie zmarnowana.

Jest szalenie trudno zrobić to dobrze w Stanach Zjednoczonych, mówi Lane Warmbrod, starszy analityk w Johns Hopkins Center for Health Security. Byłbym bardzo rozczarowany, gdyby wszystkie te pieniądze poszły na kupowanie całej masy kręcących się scen i nie myślałem o zbudowaniu czegoś, co trwało.

Czego nie może zrobić sekwencjonowanie nadzoru

Nie ma wątpliwości, że sekwencjonowanie było rewolucyjne dla zdrowia publicznego, nie tylko dlatego, że szczepionki mRNA zostały opracowane przy użyciu sekwencji upublicznionych zaledwie miesiąc po tym, jak mężczyzna pojawił się w szpitalu w Wuhan z dziwną chorobą.

Sekwencjonowanie nadzoru, które identyfikuje kod genetyczny części pozytywnych testów i szuka zmian w czasie, może pomóc naukowcom śledzić ewolucję wirusa. Jeśli jeden szczep rozwija się szybciej niż inne, badacze mogą go znaleźć w celu dalszych badań.

Nasz nadzór jest niedoskonały, ale jesteśmy w stanie zobaczyć, kiedy i gdzie otrzymujemy transmisję w regionie i zidentyfikować wzorce zmian na szeroką skalę, mówi Duncan MacCannell, dyrektor ds. nauki w Biurze Zaawansowanej Detekcji Molekularnej (OAMD). biuro CDC odpowiedzialne za rozszerzenie krajowych wysiłków sekwencjonowania.

Na pytanie, dlaczego sekwencjonowanie nadzoru jest tak ważne, władze często odpowiadają, że może pomóc w śledzeniu zachowania się szczepu w rzeczywistym świecie. Często jednak takie argumenty łączą dwie rzeczy: pobieranie próbek pozytywnych testów, które zostały zanonimizowane, oraz stosowanie ukierunkowanej analizy w celu zrozumienia konkretnych, możliwych do zidentyfikowania przypadków.

ten Strona CDC na temat sekwencjonowania nadzoru odmian Covid , na przykład, twierdzi, że rutynowa analiza danych sekwencji genetycznych może pomóc w wykryciu wariantów zdolnych do unikania naturalnej lub wywołanej szczepionką odporności i wywoływania łagodniejszej lub cięższej choroby u ludzi.

„Tylko dlatego, że częściej widzisz wariant, czy to oznacza, że ​​jest on w rzeczywistości bardziej przenośny? Być może. Musimy zrobić więcej nauki, aby zrozumieć, czy robi coś, o co się martwimy.

Wiedza o tym, kiedy warianty uczą się omijać układ odpornościowy, może powiedzieć naukowcom, czy muszą zmienić formuły szczepionek. Ale sekwencje nie mogą powiedzieć tych rzeczy, chyba że są połączone z informacjami o ludziach, od których pochodzą. To często niemożliwe w świetle przepisów USA.

Tylko dlatego, że częściej widzisz wariant, czy to oznacza, że ​​jest on w rzeczywistości bardziej przenośny? Być może, mówi Brian Krueger, dyrektor techniczny ds. badań i rozwoju w LabCorp, który ma podpisany kontrakt na sekwencjonowanie z CDC. Musimy zrobić więcej nauki, aby zrozumieć, czy robi coś, o co się martwimy.

Ta umowa z LabCorp jest częścią podstawowego programu sekwencjonowania OAMD, który płaci dużym laboratoriom testowym w całym kraju za sekwencjonowanie tysięcy pozytywnych testów na covid. W ramach projektu poszukuje się przede wszystkim wariantów budzących obawy, szczepów, które już podejrzewano o powodowanie gorszych wyników lub szybsze rozprzestrzenianie się. Śledzi również, kiedy i gdzie rozprzestrzeniają się różne gałęzie drzewa genealogicznego Covid-19 oraz jakie zmiany genetyczne pojawiają się wielokrotnie. Jeśli jedna gałąź wirusa rośnie szybciej niż inne lub jedna mutacja wciąż pojawia się w różnych rodzinach, można ją oznaczyć do uwagi.

W tym samym czasie OAMD zbiera surowe próbki z laboratoriów zdrowia publicznego w całym kraju do badań laboratoryjnych, hodując próbki wirusa w naczyniach i ustawiając je przeciwko lekom i przeciwciałom pacjentów. Te badania na probówkach są źródłem najnowszych nagłówków na temat wariantów obejścia ochrony zapewnianej przez szczepionki. Mają również tendencję do dramatycznego zaniżania ochrony immunologicznej przed chorobami, która ma wiele nakładających się mechanizmów.

Jednak ze względu na prywatność pacjentów i inne wymagania wprowadzone w celu nadzoru regulacyjnego, wszystkie te próbki, a także wszystkie sekwencje, które zbierają z laboratoriów, są celowo pozbawione identyfikacji: nie mają żadnego związku z danym pacjentem.

Widok z wysokości 10 000 stóp

Według MacCannella, OAMD nie ma zamiaru kontekstualizować swoich danych pozbawionych elementów identyfikacyjnych z informacjami klinicznymi.

Te kontrakty są tak ustawione, aby dać nam widok z odległości 10 000 stóp, mówi MacCannell.

Nawet gdyby chciał połączyć sekwencje nadzoru z informacjami o pacjentach w swoich analizach, agencja stoczyłaby ogromną bitwę pod górę. W Stanach Zjednoczonych większość dokumentacji pacjentów — wyniki badań, informacje o szczepieniach, dokumentacja szpitalna — jest rozproszona w wielu niepowiązanych bazach danych. Niezależnie od tego, czy właściciele tych danych są zainteresowani przekazaniem informacji rządowi, zebranie ich wymagałoby zwykle uzyskania zgody każdej osoby, co jest bardzo pracochłonnym przedsięwzięciem.

Powiązana historia

Jak wielka nauka nie zdołała odkryć tajemnic ludzkiego mózgu

Wielkie, kosztowne wysiłki na rzecz mapowania mózgu rozpoczęły się dziesięć lat temu, ale w dużej mierze się nie powiodły. To dobre przypomnienie, jak złożony jest ten narząd.

Zamiast próbować przepracować te kwestie na poziomie krajowym, umowy sekwencjonowania pozwalają poszczególnym agencjom zdrowia publicznego zażądać nazwisk i danych kontaktowych osób, które uzyskały pozytywny wynik testu pod kątem wariantów budzących obawy. Ale to po prostu spycha te same problemy związane z własnością danych w dół łańcucha.

Niektóre stany są bardzo dobre i chcą wiedzieć dużo o wariantach, które krążą w ich stanie, mówi Brian Krueger z LabCorp. Inne stany nie.

Epidemiolodzy zdrowia publicznego często mają niewielkie doświadczenie w bioinformatyce, używając oprogramowania do analizy dużych zbiorów danych, takich jak sekwencje genomowe. Tylko kilka agencji ma wcześniej istniejące programy sekwencjonowania; nawet gdyby tak było, przeanalizowanie przez każdą jurysdykcję tylko małego wycinka zbioru danych podważa ilość wiedzy, jaką można zebrać na temat zachowań w świecie rzeczywistym.

Obejście tych problemów — ułatwienie łączenia sekwencji i metadanych klinicznych na dużą skalę — wymagałoby jednak czegoś więcej niż tylko podstawowej reformy przepisów dotyczących prywatności. Oznaczałoby to reorganizację całego systemu opieki zdrowotnej w USA, gdzie każda z 64 agencji zdrowia publicznego działa jako lenna i nie ma centralizacji informacji ani władzy.

Metadane to największy pojedynczy orzech do zgryzienia, mówi Jonathan Quick, dyrektor zarządzający ds. reagowania na pandemię, przygotowania i zapobiegania w Fundacji Rockefellera. (Fundacja Rockefellera pomaga finansować pokrycie w MIT Technology Review, chociaż nie ma nadzoru redakcyjnego). Producenci szczepionek i szpitale, które dodają sekwencjonowanie do własnych badań klinicznych, mówi.

Frustruje go to, że w elektronicznej dokumentacji medycznej, rejestrach szczepień i innych źródłach istnieje już tak wiele ogromnych zbiorów przydatnych informacji, ale nie można ich łatwo wykorzystać.

Jest o wiele więcej, czego można się nauczyć i nauczyć się szybciej, bez kajdan, które nakładamy na korzystanie z tych danych, mówi Quick. Nie możemy po prostu polegać na firmach zajmujących się szczepionkami, które prowadzą nadzór.

Wzmacnianie bioinformatyki na poziomie stanowym

Jeśli oczekuje się, że laboratoria zdrowia publicznego będą bardziej koncentrować się na samodzielnym śledzeniu i rozumieniu wariantów, będą potrzebować wszelkiej pomocy, jaką mogą uzyskać. W końcu robienie czegoś z wariantami w każdym przypadku jest pracą w zakresie zdrowia publicznego, podczas gdy robienie czegoś z wariantami na poziomie polityki jest polityczną.

Laboratoria zdrowia publicznego zazwyczaj wykorzystują genomikę do ujawniania ukrytych informacji o epidemiach lub w ramach działań związanych z śledzeniem. W przeszłości do łączenia używano sekwencjonowania E coli epidemie na określone farmy, identyfikuj i przerywaj łańcuchy przenoszenia wirusa HIV, izoluj przypadki wirusa Ebola w USA i postępuj zgodnie z corocznymi wzorcami grypy.

Nawet ci, którzy mają ugruntowane programy, mają tendencję do oszczędnego korzystania z genomiki. Koszt sekwencjonowania drastycznie spadł w ciągu ostatniej dekady , ale proces ten nadal nie jest tani, szczególnie dla borykających się z problemami finansowymi stanowych i lokalnych wydziałów zdrowia. Same maszyny kosztują setki tysięcy dolarów, a ich uruchomienie kosztuje więcej: Illumina, jeden z największych producentów sprzętu do sekwencjonowania, mówi, że laboratoria wydają średnio 1,2 miliona dolarów rocznie na dostawy dla każdej ze swoich maszyn.

Stracimy mnóstwo okazji, jeśli po prostu damy departamentom zdrowia pieniądze na tworzenie programów bez posiadania federalnej strategii, aby wszyscy wiedzieli, co robią.

Agencje zdrowia nie tylko potrzebują pieniędzy; potrzebują również wiedzy specjalistycznej. Nadzór wymaga wysoko wyszkolonych bioinformatyków, aby przekształcili długie ciągi liter sekwencji w przydatne informacje, a także ludzi, aby wyjaśnić wyniki urzędnikom i przekonać ich, aby przekuli wszelkie wyciągnięte wnioski w politykę.

Na szczęście OAMD pracuje nad wsparciem stanowych i lokalnych departamentów zdrowia, gdy starają się zrozumieć ich dane sekwencjonowania, zatrudniając regionalnych bioinformatyków do konsultacji z urzędnikami zdrowia publicznego i ułatwiając agencjom wysiłki w zakresie dzielenia się swoimi doświadczeniami.

To także wkłada setki milionów w budowanie i wspieranie własnych programów sekwencjonowania tych agencji – nie tylko dla nosicieli, ale dla wszystkich patogenów.

Jednak wiele z tych agencji znajduje się pod presją sekwencjonowania jak największej liczby genomów kowadów. Bez spójnej strategii zbierania i analizowania danych nie jest jasne, jaką użyteczność będą miały te programy.

Stracimy mnóstwo okazji, jeśli po prostu damy departamentom zdrowia pieniądze na tworzenie programów bez federalnej strategii, aby wszyscy wiedzieli, co robią, mówi Warmbrod.

Wstępne wizje, uzurpowane

Mark Pandori jest dyrektorem laboratorium zdrowia publicznego w stanie Nevada, jednego z programów wspieranych przez OAMD. Od lat jest zagorzałym zwolennikiem nadzoru genomowego. Przed przeprowadzką do Reno prowadził laboratorium zdrowia publicznego w hrabstwie Alameda w Kalifornii, gdzie pomagał w pionierskim programie wykorzystującym sekwencjonowanie do śledzenia infekcji przenoszonych w szpitalach.

Przekształcenie sekwencji w użyteczne dane jest największym wyzwaniem dla programów genomiki zdrowia publicznego, mówi.

CDC może powiedzieć: „Idź, kup sprzęt do sekwencjonowania, zrób całą masę sekwencjonowania”. Ale to nic nie da, chyba że konsumenci tych danych nie wiedzą, jak z nich korzystać i wiedzą, jak je zastosować, mówi . Mówię wam o robotyce, której potrzebujemy, aby sekwencjonować rzeczy każdego dnia, ale wydziały zdrowia potrzebują tylko prostego sposobu, aby dowiedzieć się, czy przypadki są ze sobą powiązane.

Jeśli chodzi o warianty, laboratoria zdrowia publicznego znajdują się pod wieloma takimi samymi presją, jak CDC: każdy chce wiedzieć, jakie warianty krążą, czy mogą coś zrobić z tymi informacjami.

Pandori uruchomił swój program sekwencjonowania kruków, mając nadzieję na zmniejszenie nakładu pracy potrzebnej do zbadania potencjalnych wybuchów choroby, szybko identyfikując, czy przypadki złapane blisko siebie były ze sobą powiązane, czy przypadkowe.

Jego laboratorium było pierwszym w Ameryce Północnej, które zidentyfikowało pacjenta ponownie zarażonego Covid-19, a później znalazło wariant B.1.351 u hospitalizowanego mężczyzny, który właśnie wrócił z Południowej Afryki. Dzięki szybkiemu śledzeniu kontaktów wydział zdrowia był w stanie zapobiec jego rozprzestrzenianiu się.

Ale okręgowe departamenty zdrowia zmieniły swoje priorytety z tych dochodzeń w terenie w odpowiedzi na zainteresowanie opinii publicznej obserwowaniem znanych wariantów obaw, mówi. Jest to ruch, do którego jest dość sceptyczny.

Moja początkowa wizja wykorzystania go jako narzędzia epidemiologicznego i badania chorób została uzurpowana przez użycie go jako skanu wariantowego, mówi Pandori. To nowy etap w testach laboratoryjnych. Przeszliśmy od niewystarczających testów, kropka, do braku wystarczającego sekwencjonowania genetycznego, jak sądzę. Tak właśnie teraz mówią ludzie.

(Pandori nie jest jedyną, której zainteresowania badawcze zostały utrudnione przez skupienie się na inwigilacji. Krueger zbudował program sekwencjonowania covid LabCorp, mając nadzieję na zbadanie, w jaki sposób warianty ewoluują u poszczególnych pacjentów. Obecnie wydaje się, że walutą jest to, ile pełnych genomów można przesłać do różnych baz danych?, mówi.)

Każdego miesiąca laboratorium Pandori wysyła zgodnie z żądaniem 40 próbek do CDC. Zespół sekwencjonuje również 64 własne próbki dziennie. Kiedy nie mają wystarczającej ilości najnowszych próbek, sięgają do archiwów; jak dotąd wrócili do próbek z listopada.

Jeśli chodzi o sekwencjonowanie 5% przypadków Nevady, większość testów w stanie przeprowadzana jest przez prywatne laboratoria, które generalnie odrzucają próbki przed ich sekwencjonowaniem. Próbki, które są testowane przez prywatne laboratoria lub testy antygenowe, są tracone z nadzoru, mówi.

Pandori mówi, że nie słyszał od CDC ani departamentu zdrowia publicznego o wariantach danych z programu laboratoryjnego CDC.

Zrób to, bo masz pytanie

Stany Zjednoczone mogą napotkać wyjątkowe trudności w łączeniu sekwencji wariantów z ich zachowaniem w świecie rzeczywistym, ale każdy system stoi przed własnymi wyzwaniami. Nawet kraje z dobrze rozwiniętymi krajowymi systemami opieki zdrowotnej zmagają się z ogromnymi ilościami danych, jakich potrzeba, aby naprawdę zrozumieć, co robią te zmiany genetyczne.

W rzeczywistości niewiele rządów wykonuje tę pracę i być może tylko jeden robi to z powodzeniem na dużą skalę.

COG-UK, konsorcjum laboratoriów akademickich i rządowych w Wielkiej Brytanii, zorganizowało pierwszy na świecie duży projekt sekwencjonowania Covid i jest powszechnie uważany za gwiazdę tej dziedziny. Jej naukowcy nie tylko zsekwencjonowali prawie dwa razy więcej próbek niż USA, ale także jako pierwsi zidentyfikowali i scharakteryzowali wariant o zwiększonej transmisji.

Zrób to, bo masz pytanie. Jeśli nie, przestań zużywać wszystkie nasze odczynniki Illumina. Nasze łańcuchy dostaw poszły na marne, odkąd Stany Zjednoczone ogłosiły, że zamierzają zwiększyć wydajność sekwencjonowania.

Zrobili to wszystko za mniej niż 50 milionów funtów (69 milionów dolarów), według Leigh Jackson, kierownika projektu naukowego konsorcjum. Mówi, że porównanie naszych kosztów z opłatami pobieranymi przez sektor prywatny za tego typu usługi jest dość oszałamiające, zauważając, że większość pracy pochodzi z laboratoriów akademickich, które pobierają od nich głównie opłaty za materiały.

Przytłaczająco, celem numer jeden będzie świadomość mutacji ucieczki szczepionek w prawdziwym świecie. To się stanie. Ponieważ mamy teraz tak szeroki zasięg i pojemność, powinniśmy być w stanie je zobaczyć dość szybko, mówi Jackson.

Ta praca jest możliwa, ponieważ zarówno zdrowie publiczne, jak i medycyna w Wielkiej Brytanii są znacjonalizowane, więc testy i rejestry szczepionek są oznaczone unikalnym numerem NHS pacjenta. COG-UK potrzebuje tylko kilku umów dotyczących udostępniania danych, aby połączyć wszystkie 400 000 próbek, które zsekwencjonowali z listami szczepionek i danymi szpitalnymi najwyższego poziomu. Nie oznacza to, że łączenie tych zestawów danych jest łatwe; Grupa obecnie buduje usprawniony system do łączenia wszystkich innych odłączonych systemów, automatyzując przesyłanie nowych danych i ułatwiając dostęp partnerom.

Jackson jest szczęśliwy, słysząc o ekspansji dobrze zaprojektowanych programów sekwencjonowania, ale ma problem z masowym sekwencjonowaniem wykonywanym bez jasno określonych celów.

Nie rób tego, ponieważ jest to zwycięzca głosowania, wygląda dobrze lub sprawia, że ​​ludzie są szczęśliwi. Zrób to, bo masz pytanie, mówi. Jeśli nie, przestań zużywać wszystkie nasze odczynniki Illumina. Nasze łańcuchy dostaw poszły na marne, odkąd Stany Zjednoczone ogłosiły, że zamierzają zwiększyć wydajność sekwencjonowania.

Od próbki do Co z tego?

W zdrowiu publicznym — w przeciwieństwie do badań podstawowych — wiedza jest potęgą tylko wtedy, gdy towarzyszy jej działanie. To właśnie Quick z Fundacji Rockefellera nazywa przejściem od próbki do „I co z tego?”

Aby móc powiedzieć cokolwiek o skuteczności szczepionki, sekwencje muszą być powiązane z danymi dotyczącymi szczepień na masową skalę. Decydenci muszą odpowiedzieć na warianty, jeśli ich sekwencjonowanie będzie miało znaczenie. (W tej chwili wiele stanów USA ponownie otwiera kina i posiłki w pomieszczeniach, pomimo wyraźnych dowodów na to, że więcej zakaźnych szczepów powoduje wzrost spraw w całym kraju).

Powiązana historia

Kolejny akt dotyczący informacyjnego RNA może być większy niż szczepionki przeciw krowim

Nowe szczepionki informacyjnego RNA do walki z koronawirusem opierają się na technologii, która może zmienić medycynę. Dalej: sierp sierpowaty i HIV.

Warmbrod z Johns Hopkins ma nadzieję, że te pieniądze zostaną wykorzystane proaktywnie, z myślą o przyszłości, zamiast reaktywnie.

Kiedy wracam i patrzę na dokumenty, które mają sześć, siedem lat, to jest jak: „O Boże, od lat wiedzieliśmy o tym konkretnym problemie i nic nie zrobiliśmy” – mówi. Bez względu na to, jakie narzędzia i infrastrukturę zbudujemy teraz, mogą one być używane do czegoś więcej niż tylko do covid.

MacCannell myśli w ten sam sposób: Naszą rolą jest naprawdę ustalenie, jak rozszerzyć nadzór genomiczny w amerykańskim systemie zdrowia publicznego w sposób, który nie jest tylko specyficzny dla szczepu krowiego. Chcemy wyciągnąć wnioski i zastosować je w szerokim zakresie.

Jest to korzystne dla wszystkich, jeśli ten ogromny zastrzyk pieniędzy zostanie wykorzystany nie tylko w odpowiedzi na jeden kryzys, ale także w ramach przygotowań do następnego. Daje realną szansę na naprawę pęknięć w naszym publicznym systemie zdrowia i zbudowanie stabilnych instytucji, które niwelują dysproporcje zdrowotne, silnie reagują na potencjalne zagrożenia i działają w sytuacjach kryzysowych.

Jednocześnie, jeśli CDC ma w pełni wykorzystać swoją rolę jako krajowa agencja zdrowia publicznego, powinna wykorzystać wszystkie dostępne jej zasoby – w tym to ogromne repozytorium sekwencji wariantów ze świata rzeczywistego – do śledzenia rzeczywistych zachowanie, takie jak unikanie odporności wywołanej szczepionką.

Niezastosowanie się do tego może mieć śmiertelne konsekwencje.

Zamierzamy uodpornić planetę i jestem bardzo zaniepokojony, mówi Quick. Musimy udostępniać te dane, aby nie inwestować ogromnej ilości czasu i wysiłku w uodpornienie jak największej liczby osób, tylko po to, aby stwierdzić, że było to znacznie mniej skuteczne, niż sądziliśmy. To więcej straconych istnień ludzkich i większa wiarygodność szczepionek.

Ta historia jest częścią Projektu Technologii Pandemicznej, wspieranego przez Fundację Rockefellera.

ukryć